コマンドラインからcloneする時、何もコマンドを付けづにcloneするとmasterが選択されます。
git clone git@github.com:ユーザー名/リポジトリ名.git git clone https://github.com/ユーザー名/リポジトリ名.git
特定ブランチをcloneしたい場合は-bコマンドを利用する事で実現可能です。
git clone -b ブランチ名 git@github.com:ユーザー名/リポジトリ名.git git clone -b ブランチ名 https://github.com/ユーザー名/リポジトリ名.git
URLの後に適当な名前を付けておくと、その名前でlocalにcloneしたフォルダが作成されます。